O TCE-RJ é integrado por sete conselheiros, escolhidos da seguinte forma:

- três pelo governador do estado, com a aprovação da Assembleia Legislativa, sendo dois alternadamente entre auditores e membros do Ministério Público Especial, indicados em lista tríplice pelo Tribunal, segundo os critérios de antiguidade e merecimento. O terceiro é de livre escolha do governador, desde que preenchidos os requisitos constitucionais para provimento do cargo;

- quatro pela Assembleia Legislativa. 

Os conselheiros do Tribunal de Contas do Estado têm as mesmas garantias, prerrogativas, impedimentos, vencimentos e vantagens dos desembargadores do Tribunal de Justiça, sendo aplicadas a eles, quanto a aposentadoria e pensão, as normas constantes do artigo 40 da Constituição Federal de 1988. O auditor, quando em substituição a conselheiro, terá as mesmas garantias e impedimentos do titular e, quando no exercício das demais atribuições da judicatura, as de juiz de direito da mais alta entrância.

OBS: Nos 180 dias seguintes à data de 7 de abril de 2017, o Corpo Deliberativo do TCE-RJ será composto por uma conselheira, Marianna Montebello Willeman, e três conselheiros substitutos.