As contas de governo, também chamadas de contas anuais, referem-se aos resultados gerais do exercício financeiro-orçamentário. Os chefes de governo – na alçada do TCE-RJ, os governos estadual e dos 91 municípios jurisdicionados – devem apresentar ao Tribunal balanço orçamentário, balanço financeiro, balanço patrimonial e demonstração das variações patrimoniais.  No exame das contas verificam-se os resultados gerais da atuação governamental tais como o cumprimento das metas do Plano Plurianual (PPA), o cumprimento dos limites legais e constitucionais para despesas com pessoal e endividamento público, além do cumprimento dos limites mínimos constitucionais para investimentos em saúde e educação, entre outros aspectos.

Na análise das contas de governo, o Tribunal de Contas exerce sua missão constitucional de auxiliar o Poder Legislativo na fiscalização orçamentária, financeira, contábil, operacional e patrimonial, por meio do controle externo. Por caber ao Legislativo o julgamento final das contas de governo, o TCE realiza uma análise técnica da atuação governamental tendo por base a documentação apresentada. Essa análise subsidia a elaboração de parecer prévio, que opinará pela aprovação ou rejeição das contas de governo, subsidiando o Legislativo no exercício do controle externo, a quem cabe o julgamento final.

No âmbito municipal, o parecer prévio emitido pelo TCE somente deixará de prevalecer por decisão de no mínimo dois terços da Câmara dos Vereadores. No Legislativo Estadual não existe limite mínimo de votos de parlamentares necessários para que o julgamento das contas do governador pelo Legislativo contrarie o parecer prévio emitido pelo TCE.

Já as contas de gestão dizem respeito às contas dos administradores e demais responsáveis por dinheiros, bens e valores públicos da administração, bem como as contas daqueles que gerarem perda, extravio ou outra irregularidade que resulte em prejuízo ao erário público.

Em caso de irregularidades  verificadas nas contas de gestão ou ainda nas auditorias e inspeções realizadas pelo TCE nos atos e contratos elaborados pelos jurisdicionados, o TCE poderá sustar a execução do ato, ou ainda, se o mesmo resultar em dano ao erário, imputar débito ao responsável (ou seja, exigir o ressarcimento pelos danos causados pelo agente aos cofres públicos) e ainda aplicar multa. Esta última penalidade pode ser aplicada mesmo nas hipóteses em que não se verificar um dano ao erário, mas em que se verifique uma grave infração à legislação financeira, administrativa ou contábil.